Действие романа происходит на территории Руси-Украины в ХУ1 веке, когда она была частью государства Речь Посполитая. Русские православные епископы, запятнавшие себя всяческими моральными и уголовными преступлениями, решили податься под покровительство римского папы и тем самым снискать признательность польского короля Сигизмунда. Православный народ во главе с запорожскими козаками решительно противодействует этому вооруженной рукой. Разгорается гражданская война, перипетии которой и описываются в романе. Повествование ведется с 3-х разных ракурсов — глазами гетмана и атамана, одного из главных руководителей восстания Павла (Северина) Наливайко, бурсака Арсенка Осьмачки, по воле судьбы оказавшегося в повстанческом войске, и пана Струся, старосты города Брацлава. Духовный конфликт между героями усугубляется еще тем, что Струсь - русин по происхождению, но католик по вере. Каждый из них по-своему осмысляет феномен, причины и горькие последствия религиозной войны, в которую превратилось восстание. По сути своей описываемые события стали началом конца Речи Посполитой как государства.